
خلال فترة وجودها على الساحة، حاولت جماعة الإخوان الإرهابية، استغلال المسيحيين وإيهامهم بنيتها بناء علاقة ودية مع الكنيسة القبطية، وتغيير الصورة المعتادة عن التنظيم، والتي تشكلت من خلال مهاجمة وحرق كنائس، وعملت على التودد للكنيسة من خلال اللقاءات مع القيادات المسيحية، والتصريحات المتكررة بشأن حمايتهم.
وكشف البابا تواضروس، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، في أحد اللقاءات، محاولات الجماعة الإرهابية التودد له والتقرب منه طوال الوقت، من خلال ادعائهم أنّهم يهتمون بالمسيحيين، وأنّ الكنيسة المصرية غالية عندهم، وفقا لما نقلت عنه صحيفة "الدستور" المصرية.
لكن حقيقة الجماعة الإرهابية وحلفائها ظهرت عقب توليهم مقاليد الحكم، حيث وُصفت من جانب الكنيسة بـ"عدم وجود تفاهم متبادل"، وخرج البابا تواضروس، بعد يومين من تجليسه فقط، معترضاً على مسودة الدستور الذي طرحته حكومة الإخوان، قائلاً: "الدستور يجب أن يكون شاملاً، ويعبر عن كل المصريين".
حاولت الجماعة الإرهابية زعزعة استقرار الدولة وإثارة الفتنة الطائفية بين المصريين وشهدت فترة حكم الإخوان عدة أحداث طائفية استهدفت الأقباط
هذا وحاولت الجماعة الإرهابية زعزعة استقرار الدولة، وإثارة الفتنة الطائفية بين المصريين، وشهدت فترة حكم الإخوان عدة أحداث طائفية استهدفت الأقباط، الأمر الذي أدى إلى تزايد التوتر بين الكنيسة والجماعة، التي خالفت وعدها بحماية المسيحيين، كما حدث في الهجوم على الكاتدرائية المرقسية في نيسان / أبريل 2013، الذي أسفر عن سقوط عدد من القتلى والمصابين.
ونالت الكنيسة القبطية والمسيحيون النصيب الأكبر من استهداف الجماعة الإرهابية، حيث سجلت الإحصائيات استهداف أكثر من 90 كنيسة على مستوى الجمهورية، فضلاً عن أحداث الفتنة الطائفة التي شهدتها العديد من المناطق في أنحاء الجمهورية، واستكمال سلسلة الإرهاب، من حرق وهدم وتفجير الكنائس في الأعياد والمناسبات، فضلاً عن استيلاء جماعة الإخوان على أغلبية المقاعد في البرلمان، مما كان يهدد حقوق الأقباط.
وبعد تزايد الاحتجاجات ضد حكم الإخوان، أيّدت الكنيسة ثورة 30 حزيران / يونيو، التي أدت إلى الإطاحة بـ"الرئيس المعزول" محمد مرسى، وقد ظهر البابا تواضروس الثانى فى العديد من اللقاءات والمؤتمرات لدعم هذه الثورة، فضلاً عن مشاركته مع الرئيس عبدالفتاح السيسى في إعلان خريطة الطريق، مؤكداً أنها تتضمن سلامة مستقبل الشعب المصري.