
مرّت الجماعة بأزمات عدة، بعد دخولها فى مواجهات مسلحة مع الدولة المصرية ومؤسساتها الأمنية والسياسية، بعد أن أسست الجماعة معسكرات تدريبية في مصر، بهدف تكوين ميليشيات مسلحة تابعة لها على غرار الحرس الثوري الإيراني، لمواجهة محتملة مع الجيش والشرطة، وذلك وفقا لما ورد في دراسة حديثة صادرة عن مركز "تريندز للبحوث والاستشارات" للخبير والباحث منير أديب، المتخصص في شؤون الحركات المتطرفة والإرهاب الدولي
وقد أدت الضربات الأمنية التي تعرّضت لها الجماعة على يد الدولة المصرية إلى انقسامها إلى جبهتين رئيسيتين في إطار الصراع بين قيادات الجماعة للسيطرة عليها تنظيميّاً وماليّاً وإداريّاً، إحداهما تقيم في لندن قبل أن يستبدل زعيمها الحالي، صلاح عبدالحق، والأخرى تُقيم في إسطنبول، منذ أن وقَع الخلاف بينهما، يتولى زعامتها محمود حسين، عضو مكتب الإرشاد والأمين السابق لجماعة الإخوان المسلمين.
وذلك بالإضافة إلى بروز تيار جديد داخل الجماعة أُطلق عليه التيار الثالث تحت اسم "تيار التغيير" لينفِّذ فيها، وفق تعبيره، تعاليم حسن البنا وسيد قطب، ويهدف هذا التيار إلى السيطرة على الجبهتين المتصارعتين، وإحياء فكر سيد قطب ومحمد قطب ومحمد كمال، وتنفيذ وصايا الأب الروحى للمجموعة النوعية محمود عزت.
ورجح أديب في الدراسة أن مواجهة الإخوان، خلال العقد الأخير، ضربت بُنى التنظيم الهيكلية، فباتت الجماعة ما بين أعضاء وقيادات يُحاكَمون في القاهرة على خلفية جرائم عنف ارتكبوها، أو على الأقل متهمون على خلفيّتها، وما بين أعضاء وقيادات فرّوا إلى الخارج بهدف الهروب من المواجهة أو الاستعداد لمواجهة النظام السياسي الذي قام على خلفية ثورة 30 يونيو 2013؛ .
وأشار إلى أنه وبعد فضّ اعتصام رابعة العدوية، الذي كان في 14 آب/أغسطس 2013، لم تجد قيادات الإخوان سوى الهروب خارج مصر بعد أن ضاقت عليهم أرض مصر بسبب الجرائم التي ارتكبوها، ولم يكن أمامهم سوى الهروب وتجربة محاولات فاشلة بدعم وتمويل من الخارج، لكن محاولاتهم لم تستطع النَّيل من الدولة المصرية التي واصلت التقدم ومحاربة الإخوان.
واختتم الباحث دراسته بالقول:"مرّ تنظيم الإخوان المسلمين بتحولات سياسية عدة، خاصة على صعيد البناء الهيكلي التنظيمي الذي أدى إلى انقسامه إلى جبهات عدة؛ وهو ما أضعفه وأثر على تماسكه، وبالتالي انعكس ذلك على دور هذا التنظيم وفاعليته أيضاً، هذه التحولات على مستوى البناء التنظيمي وليس على مستوى الأفكار المؤسسة".